查詢ID顯示結(jié)果的查詢序列id

右圖中的可選參數(shù)用于過濾結(jié)果。

允許設(shè)置物種名稱

允許您設(shè)置過濾的身份級(jí)別，例如94.74%至94.76%

E Value 允許按期望值進(jìn)行過濾，例如設(shè)置 0.0001 至 5e-120 (5x10-120)。

它是 BLAST 結(jié)果的默認(rèn)顯示選項(xiàng)，可以通過旁邊的按鈕進(jìn)行切換。

以上結(jié)果默認(rèn)按照E值從高到低排序。 點(diǎn)擊后面的每個(gè)數(shù)字可以直接跳轉(zhuǎn)到相應(yīng)的核酸庫(kù)或蛋白庫(kù)。

可以根據(jù)圖形序列鏈接到匹配的顯示器（如下圖所示）

tree of 可以以距離樹的形式顯示對(duì)齊結(jié)果（如下圖）。 如果比對(duì)是蛋白質(zhì)序列，那么也會(huì)有一個(gè)用于系統(tǒng)發(fā)育分析。

查詢序列和數(shù)據(jù)庫(kù)序列之間的詳細(xì)比對(duì)信息包含在選項(xiàng)下。

BLAST功能強(qiáng)大且易于使用，但它也有一些缺點(diǎn)。 其分析速度比較慢，比較結(jié)果不夠直觀，不利于后續(xù)處理。 比對(duì)無法顯示基因內(nèi)含子、外顯子、基因定位等。

BLAT（The BLAST-Like Tool）也是常用的序列比較工具。 對(duì)于 DNA 序列，BLAT 旨在查找至少 25 個(gè)堿基相似度達(dá)到 95% 或以上的序列。 對(duì)于蛋白質(zhì)序列，BLAT 旨在查找至少 20 個(gè)氨基酸相似度達(dá)到 80% 或以上的序列。

與BLAST相比，BLAT比較更簡(jiǎn)單、更方便、更快捷。 它還可以輸出更具可讀性的比較結(jié)果，并且可以輕松找到外顯子和總和。 BLAT 還可以處理 DNA、RNA 和蛋白質(zhì)序列的比對(duì)。 在線 BLAT 工具可在線獲取。 您還可以下載該工具的安裝版并離線進(jìn)行對(duì)比分析。

BLAT也有一定的局限性。 例如，當(dāng)用于比較遠(yuǎn)緣物種之間的核酸序列時(shí)，比較精度不夠高。 建議使用專門為此目的開發(fā)的軟件； 對(duì)于少量蛋白質(zhì)比較任務(wù)（如數(shù)字條或幾十條條）dnastar序列比對(duì)，在速度和準(zhǔn)確性方面優(yōu)于Blat； 另外dnastar序列比對(duì)，Blat在反復(fù)搜索短匹配片段的同時(shí)，會(huì)產(chǎn)生過多的沒有生物學(xué)意義的序列比對(duì)片段，可以通過一步分析來確認(rèn)。

幾種常用的多序列比對(duì)軟件

它是一款簡(jiǎn)單且常用的核酸序列分析軟件。 支持多重序列比對(duì)、序列同源性分析、酶切位點(diǎn)分析、PCR引物設(shè)計(jì)、質(zhì)粒繪制等功能。 這是一個(gè)非常友好的界面和軟件。 占用內(nèi)存小，兼容性好。 可以說是分子生物學(xué)家必備的工具之一。

它是一種基于漸進(jìn)式比對(duì)的多序列比對(duì)工具。 它有適用于多種操作系統(tǒng)平臺(tái)的版本，包括Linux版本、DOS版本等。它不僅可以用于多重序列比較，還可以用于-比對(duì)，以及基于-方法構(gòu)建進(jìn)化樹。 最常用的方法是多序列比對(duì)。 但由于它采用的是漸進(jìn)比較方式，無法保證最優(yōu)比較，且速度不夠快。

它是最快的比較軟件之一。 它在速度和準(zhǔn)確性方面都具有優(yōu)勢(shì)。 它可以快幾個(gè)數(shù)量級(jí)。 而且序列越多，速度差異就越大。

它使用迭代方法進(jìn)行比較操作。 每個(gè)優(yōu)化過程都是一個(gè)迭代過程。 通過不斷使用動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法重排來糾正這個(gè)錯(cuò)誤，同時(shí)對(duì)這些子組進(jìn)行比較以獲得所有序列的全局比對(duì)。 但精度會(huì)降低，并且對(duì)內(nèi)存的要求更高。

MAFFT對(duì)于多序列比較的準(zhǔn)確度和速度都比較高，使用時(shí)需要調(diào)整的參數(shù)也比較少。 當(dāng)前版本提供增量法和迭代精化法兩種比對(duì)方法，還包括大量序列更快比對(duì)、更高精度比對(duì)、非編碼RNA序列比對(duì)等選項(xiàng)。MAFFT還提供在線和本地版本。

以上就是給大家介紹的一些比較常用的對(duì)比軟件。 如果你想了解你想學(xué)哪個(gè)軟件，可以留言。 我們可以推出詳細(xì)的使用教程并附上程序鏈接或軟件包。 除了上面介紹的之外，還有很多對(duì)應(yīng)不同功能的比對(duì)軟件，比如用于基因組比對(duì)的比對(duì)軟件、用于測(cè)序數(shù)據(jù)拼接的比對(duì)軟件等。

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