擰開公眾號第1807天陪你科研

miRNA是科研的菜鳥朋友。

研究仍然是國外研究機構(gòu)的熱門領(lǐng)域。 每年都有大量相關(guān)文章發(fā)表或相關(guān)基金申請。 功能研究中最重要的是對其靶基因的確認(rèn)。 Heye明天會為大家介紹一些常用的目標(biāo)基因預(yù)測工具。

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網(wǎng)址：新版本

老板

使用起來非常簡單方便。 輸入基因名可以發(fā)現(xiàn)某個基因的3'UTR有多種可能的功能。 最新版本還以人性化的方式列舉了目前發(fā)現(xiàn)的各種3'UTR。 輸入名稱可以查明多個目標(biāo)基因的可能作用。

在圖 1 的網(wǎng)站中查找目標(biāo)基因的候選 miRNA

在圖2的網(wǎng)站中找到目標(biāo)miRNA的候選目標(biāo)基因

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與 相比dnastar序列比對，主要減少了 ncRNA 和非 3'UTR 區(qū)域的檢索。

圖3 miRNA靶基因預(yù)測包括ncRNA

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數(shù)據(jù)庫

miRDB 不僅僅是功能性的。 它不僅可以搜索3'UTR區(qū)域之外，還可以搜索編碼區(qū)域和5'UTR區(qū)域，以及匹配給定的序列。

圖4 miRDB預(yù)測目標(biāo)基因或?qū)ふ液蜻xmiRNA

圖 5 miRDB 可以篩選給定序列或非 3'UTR

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RNA22

與miRDB類似dnastar序列比對，RNA22可以預(yù)測miRNA的靶基因，預(yù)測mRNA的候選作用，miRNA()。 據(jù)悉，其在線預(yù)測特定基因序列和特定miRNA序列作用位點的功能非常強大（）。

圖6 RNA22預(yù)測miRNA靶基因

圖7 RNA22預(yù)測結(jié)合位點和特定候選序列

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其他預(yù)測工具

.org

皮塔餅

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基于實驗數(shù)據(jù)的miRNA-靶基因庫

收集基于 Ago-Seq 數(shù)據(jù)的 miRNA、mRNA 和各種 ncRNA 的相互作用結(jié)果。 用散點圖和直方圖繪制miRNA和靶基因在各種癌癥中的表達(dá)水平是非常有意義的。

圖 8 數(shù)據(jù)庫

圖9 分析和靶基因在癌癥中的表達(dá)

圖 10 包含已檢查的 miR 數(shù)據(jù)

%/

圖 11 數(shù)據(jù)庫

該數(shù)據(jù)庫包含通過各種方式測得的miR-數(shù)據(jù)，研究人員可以查看目標(biāo)基因是否已經(jīng)被研究或研究程度等。

miRNA靶基因的預(yù)測往往需要多種預(yù)測工具。 希望Heye介紹的工具對大家的miRNA研究有所幫助。

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