廢話寫在上面

我可能不適合做科研，因?yàn)槲铱偸窃诤跻恍安槐匾钡臇|西~

剛開始接觸二代測(cè)序的時(shí)候，我是跟著Jimmy的前輩們開始接觸RNA-seq的。 當(dāng)時(shí)用的對(duì)比工具是..當(dāng)時(shí)并沒有想太多為什么要用這個(gè)工具。 你說了，我就用了，所以它成了我最喜歡的比較工具。

但是，由于我需要處理不同的數(shù)據(jù)，我發(fā)現(xiàn)它不能滿足我的要求。 我可能需要考慮其他工具，但是我無從下手，也不知道哪些工具更適合我。 于是一場(chǎng)不考慮生物學(xué)意義，只考慮器具特性的戰(zhàn)斗就此拉開序幕……

看系列太長(zhǎng)了，廢話系列太多

其實(shí)我每次都說這是超級(jí)扯蛋系列，但是我真的很希望大家認(rèn)真看一下這部分內(nèi)容。 其實(shí)我能力有限，短短幾句話很難聽懂我想說什么，除非我寫文言文……

DNA-seq&RNA-seq

搜索了各種帖子，發(fā)現(xiàn)大家在比較工具的時(shí)候，喜歡把它們分為DNA比對(duì)工具（DNA-seq）和RNA比對(duì)工具（RNA-seq）。 仔細(xì)想想，你會(huì)發(fā)現(xiàn)它們的區(qū)別只是會(huì)不會(huì)考慮跨外顯子的比對(duì)（即：未比對(duì)的reads是否會(huì)split，split后的兩部分會(huì)重新比對(duì)）。

隨著現(xiàn)在各種類型seq的出現(xiàn)，我們已經(jīng)不能簡(jiǎn)單的根據(jù)比對(duì)DNA還是RNA來判斷工具的選擇，而是判斷reads的比對(duì)是否需要跨越外顯子。 比如PRO-seq/GRO-seq，他們?cè)诮◣?kù)的時(shí)候捕獲RNA，但是不需要考慮跨外顯子的比對(duì)。

廢話那么多，下面簡(jiǎn)單總結(jié)一下常用工具有哪些各類：

以上都是我自己用過的，沒用過的也不是我常用的，這里就不做對(duì)比了

&

它出現(xiàn)在古代（意思是很久以前），當(dāng)時(shí)測(cè)序行業(yè)發(fā)展還不成熟，序列厚度普遍在50bp以下，所以出現(xiàn)時(shí)滿足50bp以下寬度的reads比對(duì)。 官方表示，它可以快速將短 DNA 序列（35bp）與人類基因組進(jìn)行比較。

而它的出現(xiàn)填補(bǔ)了公司的短板。 擅長(zhǎng)比較長(zhǎng)度為50-100 bp的reads，寬度甚至可以達(dá)到1000。適合比較這些比較長(zhǎng)的基因組，比如養(yǎng)護(hù)植物的基因組。

推論：and，是兩種不同類型的比較工具，不是升級(jí)。 不同長(zhǎng)度大小不一，適用于寬度小于50b的reads的比對(duì)，適用于寬度為50-100b甚至更長(zhǎng)的reads的比對(duì)。而且這兩個(gè)都是DNA -seq比較工具

和

/ 工具本身不進(jìn)行比較，它通過調(diào)用 / 來完成。 關(guān)鍵是它不是best的升級(jí)版，而是best的升級(jí)版。 所以只能調(diào)用，除了調(diào)用（默認(rèn)），還可以修改設(shè)置調(diào)用。

調(diào)用 / 后，它會(huì)首先使用 / 對(duì)齊序列。 對(duì)于沒有比對(duì)的，會(huì)考慮外顯子交叉的可能性，將reads拆分，重新比對(duì)。

如果你去//的官網(wǎng)仔細(xì)觀察，你會(huì)發(fā)現(xiàn)他們每個(gè)人都有自己的官網(wǎng)，都有自己的介紹。 但是Tohat不一樣，它只有一個(gè)，并且在2012年4月9日才發(fā)布了2.0.0版本，公布了支持對(duì)比。 我們一般稱之為支持版本。

據(jù)悉，如果你夠無聊dnastar序列比對(duì)，上下滾動(dòng)他們的主頁(yè)，你會(huì)發(fā)現(xiàn)無論是2019年還是2019年，一直都有更新。而2016年2月就停止更新了。。。為什么？請(qǐng)看以下部分

原作者不知道是什么原因dnastar序列比對(duì)，所以不再更新，而是開發(fā)了一個(gè)新的對(duì)比工具，推薦大家使用，號(hào)稱速度更快，顯存占用率更小，而且具有更高的準(zhǔn)確率。

據(jù)悉，除了支持RNA-seq比對(duì)外，還支持DNA-seq比對(duì)。 唯一需要做的就是添加一個(gè)參數(shù)--no--。 目前，大多數(shù)人將其用于 RNA-seq，沒有人將其用于 DNA-seq

BWA

雖然說的不多，但是是我知道的第一個(gè)比對(duì)工具，屬于DNA-seq比對(duì)工具。 雖然全基因組或者全基因組大部分都是用BWA來進(jìn)行比對(duì)的。 那時(shí)候大學(xué)里有一門課叫估算生物學(xué)。 當(dāng)時(shí)在學(xué)習(xí)BWT算法的時(shí)候，經(jīng)常把算法的名字和對(duì)比工具的名字搞混。

值得一提的是，這個(gè)工具是李衡開發(fā)的。 不認(rèn)識(shí)李衡，至少應(yīng)該知道工具吧。 這個(gè)工具也是李衡發(fā)明的。 一個(gè)強(qiáng)大的可怕的女人...

星星

第一次看到這個(gè)工具的名字是在第一次研究期間，當(dāng)時(shí)確實(shí)有點(diǎn)懵。 當(dāng)時(shí)覺得是個(gè)很冷門的野雞工具。 后來發(fā)現(xiàn)身邊很多人都在用這個(gè)工具，于是懷著好奇的心情上網(wǎng)搜索了一下它的資料。

如果你不搜索，你不知道。 如果你搜索，你會(huì)感到震驚。 嘖嘖嘖，皇室用的RNA-seq比對(duì)工具，真香……

幾種RNA-seq工具的比較

可能是因?yàn)镽NA-seq分析比較流行，所以大部分的對(duì)比工具都是使用RNA-seq的效率來進(jìn)行對(duì)比。

《-RNA-seq》這篇文章堪稱史上最全面的RNA-seq評(píng)測(cè)。 比較了RNA-seq的各個(gè)方面。 因?yàn)樘媪?，有點(diǎn)亂，所以只關(guān)注一些自己感興趣的地方。

不管是還是STAR，對(duì)于Toph來說都有很大的優(yōu)勢(shì)，即使Toph不持續(xù)更新，這也是我們不用它的一個(gè)更強(qiáng)大的理由。 至于，他的正確率是最高的，敏感度比較低。 STAR比較敏感，會(huì)出現(xiàn)很多包含soft-clip的低質(zhì)量比對(duì)。 據(jù)悉，STAR的比例最高。 對(duì)于雙端測(cè)序的reads，要么比較所有的reads，要么全部丟棄。 它不僅會(huì)比較某些讀取像和

最后，這篇文章也給出了一種自己認(rèn)為比較好的RN-seq的組合形式：

前段時(shí)間龍星課程給出了RNA-seq的另一種組合形式：SATR+RSEM，其中STAR既可以用于比對(duì)也可以用于定量（計(jì)數(shù)）

選擇哪種組合取決于習(xí)慣、眼神交流和心情……

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參考

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