“通過將最新的同行評審 NGS 算法從命令行引入直觀的點擊式界面dnastar序列比對，為臺式科學(xué)家提供支持。無論是執(zhí)行參考引導(dǎo)比對、從頭組裝、變異調(diào)用還是 SNP 分析，它都可以讓您訪問結(jié)果?！?你需要的工具。 集成了全面的袖扣套件，用于 RNA-Seq 數(shù)據(jù)的深入轉(zhuǎn)錄分析和基因表達差異。 RNA-Seq 數(shù)據(jù)的獨特可視化可以通過自定義繪圖和圖表輕松生成，因此可以在幾秒鐘內(nèi)為您提供可發(fā)布的圖形?！?/p>

下一代 DNA 測序 (NGS)

函數(shù)列表

測序

使傳統(tǒng)的序列組裝看起來很簡單，同時讓您保持控制。

輕松修剪序列以查找質(zhì)量較差的數(shù)據(jù)。 您甚至可以維護一個修剪標準庫，讓生活變得更輕松。

通過直觀的控件，您可以為您的數(shù)據(jù)選擇最佳算法，包括“組合到參考”。 如果您正在使用來自不同來源的多個樣本，請使用按名稱組裝手動組裝。

使用可幫助您查找和解決歧義、檢查雜合性和連接數(shù)據(jù)的工具，編輯數(shù)據(jù)從未如此簡單。

使用置信值幫助進行數(shù)據(jù)修剪、質(zhì)量檢查和SNP檢查，以提高結(jié)果質(zhì)量。

新一代測序

, Inc. 旨在為您帶來在同行評審期刊上開發(fā)和發(fā)布的各種比對和組裝算法，但非工程師也可以使用。 例如，GSNAP (Tom Wu, Inc.) 被認為是正確識別融合點的最佳算法之一。 生物信息學(xué)專家可能會像這樣調(diào)用該程序：

如果我們有一些工具來幫助我們了解所有可用的標志和參數(shù)是什么以及它們?nèi)绾斡绊懗绦?，我們大多?shù)人都會更有效率。 該界面可幫助您選擇選項、設(shè)置值并通過說明和工具提示了解可用功能。 與上述命令行中相同的選項可以通過以下方式設(shè)置：

只需幾個步驟即可執(zhí)行 SNP 分析、甲基化分析或 RNAA 與 G 耐受性比對。

在平板電腦筆記本中查看結(jié)果。

BWA、Maq、GSNAP 而僅僅是開始。 如果您對混合群體進行測序dnastar序列比對，請將參考引導(dǎo)比對與從頭組裝的力量結(jié)合起來。 將讀數(shù)與參考對齊并捕獲未對齊的讀數(shù)，以進行下一輪基于參考的對齊或從頭組裝。

通過添加該試劑盒，您可以使用我們?yōu)樗?NGS 算法開發(fā)的相同套接字樣式執(zhí)行 RNA-Seq 差異表達。

我們還添加了您期望的圖表，例如火山，因此您無需使用命令行即??可查看結(jié)果。 因為我們知道您有喜歡的矯正器，所以我們不會堅持使用我們的。 只要您的對齊器創(chuàng)建 SAM 或 BAM 作為其輸出，您就可以使用最受尊敬的 RNA-Seq 工具之一來探測您的數(shù)據(jù)。

通常被解剖

參考序列是一個強大的功能，用于控制編號、功能等。 將其與殘差表結(jié)合使用，可以輕松確定您正在查看的是已知的還是未報告的 SNP。

直接使用項目桌面對齊序列。 當(dāng)您有來自不同來源的多個樣本時，您甚至可以使用按名稱組裝。

根據(jù)您的工作生成報告。 殘差表中的 PDF 報告是共享信息、將其保存在實驗室計算機上或在演示文稿中使用的好方法。

自定義工作區(qū)、控制窗口位置并使用標簽來區(qū)分序列和重疊群。 使用主題和突出顯示來識別序列區(qū)域。 維護模板中的所有設(shè)置，以便您和您的朋友可以使用相同的標準操作程序。

表示對序列或序列組執(zhí)行多重分析的新方法。 擴展功能允許您設(shè)置“通道”，在該“通道”上可以使用不同的參數(shù)或數(shù)據(jù)庫運行不同的分析。 通過同時在不同通道上的多個序列或序列組上同時運行分析，可以提高結(jié)果率。

現(xiàn)在越來越靈活和可定制。 可以重新打開現(xiàn)有的加入會話并向其中添加新序列。 可以重命名加入會話以反映您的項目。 現(xiàn)在有更多選項可用于將頻道添加到加入會話，并且還可以為每個頻道命名。

您可以在連接會話中對單個序列執(zhí)行 BLAST 搜索。 可以設(shè)置頻道以搜索具有不同參數(shù)的NCBI數(shù)據(jù)庫或每個頻道使用的數(shù)據(jù)庫。 可以設(shè)置本地 BLAST 頻道來搜索計算機上的數(shù)據(jù)庫。 您還可以建立一個質(zhì)粒-BLAST 流程，在感興趣的區(qū)域設(shè)計一個質(zhì)粒，然后將這個質(zhì)粒序列發(fā)送到您的產(chǎn)品中。 質(zhì)粒序列將具有彩色核苷酸和應(yīng)用于它們的質(zhì)粒特征。 示意圖在單個窗口中顯示來自多個通道的結(jié)果，允許您比較不同運行的結(jié)果。

您的加入會話與您的項目一起手動保存。 使用新的會話啟動器，可以輕松創(chuàng)建新會話、向現(xiàn)有會話添加更多數(shù)據(jù)，或者簡單地查看并重新運行舊會話以查看是否有任何新的感興趣序列已添加到數(shù)據(jù)庫中以前的查詢中。 同時使用示意圖提供 BLAST、部分 BLAST 和質(zhì)粒 BLAST 解剖的圖形概述。 同時打開多個會話的能力意味著您可以輕松查看所有結(jié)果。 當(dāng)您的結(jié)果最終從 NCBI 的網(wǎng)站上過期時，您可以確定它們?nèi)詫踩丶尤搿?/p>

您可以在會話中為一組序列運行比對。 結(jié)果可以被視為對齊序列或使用系統(tǒng)圖可視化。 可以設(shè)置不同的通道使用不同的參數(shù)。 序列可以添加到現(xiàn)有會話中，允許不同的行查看不同的序列集。 然后可以比較在不同車道和行上運行的內(nèi)容。

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