概述

全面的序列分析軟件，用于序列比對、桑格測序、虛擬克隆、引物設計、質粒作圖、序列編輯等。

每個分子生物學家都需要可靠的序列分析軟件來完成日常任務，例如編輯和比對序列以及設計可行的質粒和克隆。 這些任務實際上可能是例行公事dnastar序列比對，但它們的成功會影響下游的其他一切。 這就是為什么擁有可靠、易于使用的工具來每次都能正確完成工作如此重要。

它可以幫助您完成重要的序列分析任務，包括多重序列比對、PCR質粒設計、計算機克隆和序列組裝。 現(xiàn)在，您可以利用批量編輯、自動序列注釋、訪問仔細注釋的引物向量圖譜目錄以及與 NCBI 數(shù)據(jù)庫完全集成等富有洞察力的功能，更快地實現(xiàn)分析目標。 超越基礎知識，提供值得您信賴的真正卓越的序列分析軟件。

工作過程

手動虛擬克隆

每次使用都讓您對實驗室克隆實驗充滿信心！

從本質上講，分子克隆的過程很簡單，但如果沒有適當?shù)挠媱澓鸵鈭D，即使是最簡單的克隆實驗也可能很快出錯。 使用執(zhí)行虛擬克隆可以讓您輕松、自信地計劃克隆實驗，以獲得實驗室中的正確結果。 提供無與倫比的靈活性，幫助您滿足實驗要求，包括同時批量克隆片段組的能力，并指導您使用所有最流行的克隆方法逐步制備載體和擴增插入片段： 、 、 、 、 In- 、TA、TOPO 和 PCR 引導的限制性內切酶克隆。 計算機克隆為您提供正確的計劃和計劃，以便您每次都可以充滿信心地進行克隆實驗！

克隆序列驗證

用于確認實驗室創(chuàng)建的克隆的真實性。

您已經(jīng)在實驗室中創(chuàng)建了克隆，并準備好進行下游實驗dnastar序列比對，但您如何知道所有步驟都已產(chǎn)生預期的重組克?。?許多研究人員已經(jīng)通過桑格測序驗證了其克隆的真實性。 我們可以輕松地進行克隆序列驗證，以確認您的桑格測序結果與您設計的克隆完美匹配。 我們的克隆序列驗證工作流程確認克隆完全包含正確方向的感興趣的插入片段，與載體處于框內，并確認整個克隆中跟蹤文件的足夠覆蓋。 如果在克隆序列驗證過程中發(fā)現(xiàn)差異，我們將向您準確展示差異所在，以便您解決這些問題。 在繼續(xù)下游實驗之前，使用克隆序列驗證工作流程捕獲讀取錯位和插入錯誤。

凝膠電泳模擬

跳過試驗和錯誤，并使用凝膠電泳模擬來確認您的理想條件！

凝膠電泳有時需要大量的規(guī)劃工作和反復試驗才能確定完美的瓊脂糖比例和分子量標記集來解析 DNA 片段。 其他時候，限制性消化形成如此復雜的限制模式，以至于很難確定限制性消化是否完成。 這就是我們在 中提供虛擬凝膠電泳的原因，它允許您對一個或多個 DNA 片段應用不同的限制性內切酶并模擬消化以確定電泳凝膠上產(chǎn)物的預期大小。 使用凝膠電泳模擬輕松確定理想的瓊脂糖比例和一組分子量標記，以便在實驗室進行凝膠電泳之前解析 DNA 片段。 在實驗室中運行實際凝膠后，您可以將凝膠或其圖像與虛擬凝膠電泳圖像并排，以識別具有復雜條帶圖案的凝膠。 跳過試驗和錯誤，并使用凝膠電泳模擬來確認您的理想條件！

紫藍色基因組比對

用于輕松執(zhí)行紫紅色基因組比對并比較結構復雜性的多個基因組。

在多序列比對領域，可信的 Mauve 算法與傳統(tǒng)算法的區(qū)別在于它能夠比對全染色體序列和包含結構重排的序列。 多基因組比對通常需要與傳統(tǒng)多序列比對器不同的方法，需要您在各種分析工具之間切換。 這就是為什么我們無縫集成了 Mauve 算法，以便您在一個易于使用的應用程序中獲得多序列比對所需的一切。 只需將您的基因組拖放到其中，然后使用默認設置執(zhí)行紫紅色基因組比對，或更改參數(shù)以滿足您的需求。 基因組比對后，即使在不同的縮放級別，也可以輕松導航和查看多個序列的保守區(qū)域。 在導入出版質量的可編輯圖像之前，根據(jù)需要自定義對齊的外觀。 在您信任的同一應用程序中輕松執(zhí)行 Mauve 基因組比對，滿足您所有的多序列比對需求。

多序列比對

用于精確的序列比對和深入的分析。

眾所周知，有許多多重序列比對工具，但初始序列比對只能讓您到目前為止。 真正讓您走上回答研究問題的道路是對齊后分析。 提供多序列比對每個階段所需的一切，包括比對基因級和基因組規(guī)模序列數(shù)據(jù)所需的算法，以及在比對后階段進行更深入挖掘的功能。

指導您完成比對后過程，包括生成和比較多個系統(tǒng)發(fā)育樹，以及識別和剖析弧菌中的基因組變異。 您可以輕松隔離新的子比對的感興趣區(qū)域，編輯和修剪單個序列或整個比對，并在生成適合發(fā)布的高質量圖像之前自定義比對的外觀。

序列比對軟件功能

成對序列比對

輕松執(zhí)行多重和成對序列比對。

有時，直接檢測多序列比對中的一對序列可能會讓您更好地了解該對的相關性。 眾所周知，有時配對序列比比較性多重比對更合適，例如，將未表征基因的序列與相關參考弧菌的基因組進行比較。 還使您能夠靈活地使用行業(yè)標準的史密斯算法執(zhí)行局部、全局和半全局成對序列比對，所有這些都在您用于多序列比對和比對后分析的同一個應用程序中進行。 這使得通過多重比對進一步探索序列對的相關性、將轉錄本與基因比對或在基因組中查找基因變得容易。

PCR定點突變

在設計質粒之前了解突變的結構影響。

PCR定點誘變是將突變引入DNA序列的最常用技術之一，但大多數(shù)軟件工具在設計質粒時并未考慮突變對蛋白質結構的影響。 提供獨特的PCR定點誘變質粒設計方法，首先重點預測DNA序列中引入的哪些突變可能會導致蛋白質穩(wěn)定性的變化。 使用我們的熱點掃描和創(chuàng)建變體工具，您可以快速查看哪些突變減少或增加了倍數(shù)穩(wěn)定性。 一旦您確定了實驗的最佳候選變體，您就可以創(chuàng)建 PCR 質粒，并使用我們用于設計和突變質粒的點擊工具將它們引入您的序列中。 與傳統(tǒng)的誘變實驗試錯方法相比，我們獨特的結建模和質粒設計工具組合可以為您節(jié)省時間和金錢。

PCR質粒設計

使用專為您的首次 PCR 設計的值得您信賴的質粒。

說實話，沒有什么比花費時間和金錢構建多次失敗的 PCR 反應更令人沮喪的了。 事實上，影響PCR成功的因素有很多，但一般發(fā)生失敗時，不良的PCR質粒設計就是罪魁禍首。 通過設計符合您特殊實驗條件的 PCR 質粒來解決這個問題，并使您能夠在實驗室嘗試之前聽到潛在變化的影響。 它實現(xiàn)了指導性、可編輯性和定制性的完美平衡，讓您也能設計出可靠的 PCR 質粒。

系統(tǒng)發(fā)育分析

精確徹底的系統(tǒng)發(fā)育分析軟件

系統(tǒng)發(fā)育解剖是分子生物學的一個基本方面，也是我們理解基因、生物體和種群之間進化關系的主要工具。 提供全面、易于使用的界面，用于集成多個序列比對和系統(tǒng)發(fā)育分析 - 無需笨重的插件。 使用鄰接或最大殘差 (RAxML) 分析選項輕松構建系統(tǒng)發(fā)育樹，生成多個樹以進行并排比較，生成引導支持值等。 在作為圖像導入進行發(fā)布或協(xié)作之前，自定義系統(tǒng)發(fā)育樹的外觀。

入門地圖創(chuàng)建

使用 ! 獲得精致、注釋清楚的引物圖譜！

無論您是要創(chuàng)建用于出版還是用于克隆實驗的引物圖譜，注釋清晰的引物都是必不可少的。 許多引物設計工具缺乏格式化選項，使用起來很麻煩，導致圖譜不可讀，并且通常缺乏對實驗至關重要的功能和限制位點。 提供了一個高貴的界面，可以輕松創(chuàng)建和注釋圖形豐富的地圖，以進行克隆、協(xié)作和出版。 輕松顯示和自定義站點和功能，并使用我們廣泛的、精選的功能數(shù)據(jù)庫和外部手動工具準確注釋您的引物。 還包括一個定制載體目錄，為計算機克隆提供了仔細注釋的引物載體圖譜。 告別笨重的工具，輕松創(chuàng)建和定制精美的底漆地圖！

靈活的引物設計軟件

桑格序列組裝

對裝配的準確性充滿信心。

組裝測序數(shù)據(jù)是 DNA 測序中最關鍵的步驟之一，因為準確性非常重要。 我們在序列組裝軟件中使用的組裝算法已被證明是市場上測序數(shù)據(jù)最準確的。 與競爭對手相比，我們的算法在將序列組裝成單個重疊群方面做得最好，并通過跡線質量和形狀調用最精確的一致序列。 組裝后，您可以輕松編輯組裝數(shù)據(jù)（暴露或修剪末端、引入突變）和分析組裝數(shù)據(jù)，包括查看色譜圖、評估覆蓋范圍和分析變體。 正確地做事很重要。 使用最新的序列組裝工具，并對組裝的準確性充滿信心。

序列編輯和注釋

在一款易于使用的應用程序中獲得全面的序列編輯和注釋！

序列編輯是分子生物學研究的主要部分，盡管任何序列編輯軟件都可以做到這一點。 但最終，您選擇的工具的便利性和功能性確實很重要。 除了提供序列編輯器所有預期的功能：修飾核酸和肽、翻譯、反向互補、添加功能、識別ORF、引入限制性位點外，它還提供手動批量編輯工具，以便您可以無縫地創(chuàng)建和編輯序列。編輯序列組，讓您更快地完成序列編輯目標。 實時交互式視圖允許您輕松編輯和注釋序列、自定義功能以及創(chuàng)建引物圖譜。 我們的序列編輯軟件還與 NCBI 數(shù)據(jù)庫集成，可以輕松訪問和搜索在線數(shù)據(jù)庫。 您使用的工具很重要。 在一個易于使用的應用程序中訪問序列編輯和注釋所需的一切。

應用

序列編輯、克隆和質粒設計

提供序列分析工具，可輕松進行序列編輯和注釋、質粒圖譜創(chuàng)建、計算機克隆和 PCR 質粒設計。

多序列比對

快速輕松地執(zhí)行多個序列比對，然后指導您完成比對后過程，包括徹底的系統(tǒng)發(fā)育解剖。

桑格序列組裝和解剖

在有或沒有參考的情況下精確組裝測序數(shù)據(jù)，并包括一個易于使用的界面，用于預覽和修剪跟蹤數(shù)據(jù)。

基因發(fā)現(xiàn)和基因注釋

提供一套全面的分析方法，可以輕松查找和注釋序列上的基因和調控裝置。

手動序列編輯實用程序

翻譯和格式轉換等功能可以與可自定義模板一起使用，從而可以輕松同時編輯大量序列和注釋。

基因組插圖實用程序

支持生成可定制的出版質量圖形，用于線性或方形基因組作圖。

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