用于基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)和臨床研究的綜合 NGS 軟件

在基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域獨(dú)一無二。 該軟件由我們革命性的、易于使用的匯編程序提供支持，使您能夠在短短幾分鐘內(nèi)建立復(fù)雜的基因組測序項(xiàng)目，并手動(dòng)執(zhí)行通常需要在其他軟件包中進(jìn)行大量自動(dòng)干預(yù)的任務(wù)。

直觀的項(xiàng)目設(shè)置和分析，與我們獲得專利的組裝算法相結(jié)合，還使您能夠以無與倫比的輕松和速度組裝和對齊 NGS 數(shù)據(jù)，以便您可以專注于結(jié)果。 不再需要在軟件工具之間切換來組裝序列、識(shí)別重要變異和識(shí)別差異表達(dá)基因。 你需要的一切都在這里。

工作過程

ChIP-Seq 數(shù)據(jù)分析

用于輕松組裝 ChIP-Seq 數(shù)據(jù)并執(zhí)行峰值測量，使您能夠更快地執(zhí)行全面的 ChIP-Seq 數(shù)據(jù)分析。

ChIP-Seq 數(shù)據(jù)分析通常是一個(gè)漫長的過程，需要復(fù)雜的項(xiàng)目設(shè)置以及耗時(shí)且復(fù)雜的數(shù)據(jù)操作。 易于使用的向?qū)Э稍趲追昼妰?nèi)指導(dǎo)您完成項(xiàng)目設(shè)置，使您能夠快速輕松地設(shè)置 ChIP-Seq 分析項(xiàng)目。 該軟件還包括多種不同的可定制選項(xiàng)，用于變異檢查、標(biāo)準(zhǔn)化和峰值測量。 通過使用輸入模式或使用位置權(quán)重矩陣來識(shí)別結(jié)合位點(diǎn)，從轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫中選擇結(jié)合蛋白。 ChIP-Seq 數(shù)據(jù)組裝后，使用實(shí)時(shí)交互式視圖和全面的過濾工具輕松剖析峰值附近的基因。 基因本體論用于識(shí)別具有特定生物學(xué)功能的基因之間的關(guān)系或確定基因在特定過程中的相對重要性。 可視化峰以解釋基因表達(dá)和調(diào)控，并創(chuàng)建高質(zhì)量、高度可定制的圖像以供出版。 使用正在使用的 ChIP-Seq 分析工具更快地獲得全面的結(jié)果！

臨床研究

使用人類基因組分析手動(dòng)工作流程在幾分鐘內(nèi)構(gòu)建您的臨床研究項(xiàng)目。

近年來，隨著對三重分析、腫瘤與正常配對比較和罕見變異研究等工作流程的需求下降，臨床研究軟件越來越受歡迎。 然而，大多數(shù)用于分析人類基因組的商業(yè)軟件需要大量的前期工作來規(guī)劃組裝和最終的分析項(xiàng)目。 它在臨床研究軟件領(lǐng)域脫穎而出的部分原因是我們革命性的向?qū)?，使您能夠在短短幾分鐘?nèi)建立整個(gè)基因組或外顯子組重測序項(xiàng)目。 手動(dòng)執(zhí)行通常需要大量自動(dòng)化干預(yù)的任務(wù)，包括手動(dòng)組織實(shí)驗(yàn)和重復(fù)、內(nèi)置訪問人類和模型生物的多個(gè)基因組模板包、自動(dòng)合并 BED 和 VCF 文件以及手動(dòng)檢查、注釋和分析的變體。 一旦組裝完畢，可用的人類基因組分析工具可以立即開始廣泛的多樣本變異比較，識(shí)別統(tǒng)計(jì)上顯著的變異，并搜索與感興趣的變異交叉的相關(guān)基因。

基因組從頭組裝

使用 輕松準(zhǔn)確地從頭組裝基因組。

從頭基因組組裝是一種從大量 DNA 片段構(gòu)建基因組的方法，而無需事先了解此類片段的正確序列或順序。 這可能是一個(gè)非常困難的估計(jì)問題，但由于序列數(shù)量龐大、重復(fù)區(qū)域的存在以及所需的大量 RAM，通常存在速度和準(zhǔn)確性問題。

通過指導(dǎo)您通過各種方式滿足您的需求，使從頭開始組裝變得容易。 在我們革命性的基因組組裝軟件的支持下，用戶可以在短短幾分鐘內(nèi)建立復(fù)雜的測序項(xiàng)目，任務(wù)自動(dòng)化功能可以以無與倫比的輕松和速度驅(qū)動(dòng)從頭序列組裝，即使在配備適度的計(jì)算機(jī)上也是如此。

除了傳統(tǒng)的從頭工作流程（通常對于配對或雙端數(shù)據(jù)最有用）之外，各種基因組整理工作流程可用于基因組草圖的糾錯(cuò)和細(xì)化。 我們還提供多種工作流程（目前處于測試階段），用于從頭組裝和建立來自（包括讀長）的長讀長測序數(shù)據(jù)。

無論您采用哪種方式，它都會(huì)創(chuàng)建盡可能精確和完整的裝配體，為您提供每個(gè)完全可編輯裝配體的詳細(xì)統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，以及卓越的可視化和裝配后分析工具。

從頭轉(zhuǎn)錄組組裝

使用持續(xù)的手動(dòng)工作流程簡化從頭轉(zhuǎn)錄組組裝。

從頭轉(zhuǎn)錄組組裝是非模型生物研究中的一項(xiàng)強(qiáng)大技術(shù)，但由于數(shù)據(jù)量巨大以及去除污染物、識(shí)別和注釋轉(zhuǎn)錄本以及使用組裝轉(zhuǎn)錄本方面的常見困難，轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析通常會(huì)帶來挑戰(zhàn)。 最大的挑戰(zhàn)在于下游分析。 的轉(zhuǎn)錄組組裝工具。 我們獲得專利的降維和組裝算法可以在臺(tái)式計(jì)算機(jī)上處??理幾乎任何大小的數(shù)據(jù)集，從而無需超級計(jì)算集群。 手動(dòng)清理最常見的適配器以及任何用戶指定的污染物序列，并使用來自 的轉(zhuǎn)錄本注釋提供對我們專有轉(zhuǎn)錄本注釋數(shù)據(jù)庫的訪問，從而促進(jìn)組裝和注釋。 一旦從頭轉(zhuǎn)錄組組裝完成，我們將提供已識(shí)別的新轉(zhuǎn)錄本的 FASTA 文件，這些文件經(jīng)過完整注釋并準(zhǔn)備好進(jìn)行下游分析，包括用作 RNA-Seq 分析的參考集。

宏基因組組裝

使用強(qiáng)大的算法將宏基因組序列數(shù)據(jù)與不同的參考數(shù)據(jù)集進(jìn)行比較，或降低新序列的維數(shù)以進(jìn)行識(shí)別。

考慮到所涉及的數(shù)據(jù)量，以及隨著時(shí)間的推移通常需要許多步驟來識(shí)別變異、計(jì)算覆蓋度和消除宿主 DNA，有效組裝和解析宏基因組測序數(shù)據(jù)可能具有挑戰(zhàn)性。 通過提供向?qū)碇笇?dǎo)您從頭到尾完成宏基因組組裝和宿主去除過程，從而簡化流程。 我們的微生物組分析軟件可以輕松地將宏基因組測序數(shù)據(jù)與來自 NCBI 的數(shù)千個(gè)完整注釋的真菌基因組或數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對。 恩智浦強(qiáng)大的算法以前所未有的速度執(zhí)行宏基因組組裝，使您能夠更快地從原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)向分析。 還可以對新序列進(jìn)行從頭宏基因組組裝，或?qū)碜?HLA、抗體區(qū)域、病毒群體或線粒體群體的高度可變序列進(jìn)行從頭組裝。 在宏基因組組裝過程中，變異檢查和覆蓋度估計(jì)是手動(dòng)為您完成的，因此組裝后，您可以解剖重疊群并輕松識(shí)別微生物組中哪些真菌物種最豐富。

RNA-Seq 比對和分析

使用 RNA-Seq 數(shù)據(jù)的完整視圖。

RNA-seq 是目前探索轉(zhuǎn)錄組的領(lǐng)先技術(shù)之一dnastar序列比對，轉(zhuǎn)錄組對于連接基因組信息及其功能蛋白表達(dá)至關(guān)重要。 但剖析 RNA-Seq 數(shù)據(jù)已被證明對許多研究人員來說是一個(gè)挑戰(zhàn)，因?yàn)樵摷夹g(shù)的應(yīng)用非常廣泛。 快速輕松地將任何大?。◤恼婢饺祟悾┑?RNA-Seq 或 miRNA 數(shù)據(jù)集與參考基因組進(jìn)行比對，然后對比對數(shù)據(jù)進(jìn)行廣泛的剖析，以便您可以深入研究。 使用 EdgeR 或?qū)Σ町惢虮磉_(dá)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，使用全面的過濾工具輕松識(shí)別感興趣的基因，使用基因本體論識(shí)別具有已知生物功能的基因之間的關(guān)系，使用圖表輕松可視化和剖析 mRNA 異構(gòu)體，查看測序中測量的變體當(dāng)我們開始 RNA-Seq 分析時(shí)，我們并不總是知道我們在尋找什么。 讓您可以輕松探索興趣點(diǎn)，從而獲得數(shù)據(jù)集的概覽。

變異分析

用于變異調(diào)用和分析的手動(dòng)軟件

從 DNA 測序到解釋遺傳變異的過程可能漫長而復(fù)雜。 借助無數(shù)的軟件工具和管道dnastar序列比對，剖析原始序列數(shù)據(jù)的變異可能需要掌握多達(dá)十幾個(gè)生物信息學(xué)應(yīng)用程序和在線數(shù)據(jù)庫。 過程中的每一個(gè)額外步驟也會(huì)影響結(jié)果的確定性和完整性。

Step In，完全集成的變體分析和注釋管道，具有直觀、易于使用的界面。 其變異注釋數(shù)據(jù)庫極大地簡化了變異分析，使您無需生物信息學(xué)博士學(xué)位即可獲得明確的答案。

使用精確識(shí)別多個(gè)數(shù)據(jù)集之間的顯著變化

是一個(gè)手動(dòng)管道，可將您的讀數(shù)組裝到模板中，執(zhí)行變體調(diào)用，然后比較多個(gè) NGS 或長讀數(shù)據(jù)集的變體，所有這些都無需人工干預(yù)。

事實(shí)證明，我們的變體調(diào)用工具比我們的商業(yè)和開源競爭對手更準(zhǔn)確，因此您可以放心，您可以信任結(jié)果。

借助強(qiáng)大的過濾工??具、豐富的圖形視圖以及對小型變異數(shù)據(jù)庫（包括 dbSNP、GERP 和 . 它甚至可以讓您輕松比較和分析來自其他 NGS 軟件管道的多個(gè) VCF 文件，并使用我們的自定義基因組模板包中的信息對它們進(jìn)行注釋，以進(jìn)行豐富的變異分析。

變異分析軟件功能

病毒基因組分析

快速鑒定新病毒株。

從原始病毒基因組測序數(shù)據(jù)到最終鑒定新毒株可能是一個(gè)勞動(dòng)密集型過程。 對于快速傳播的病毒，快速剖析數(shù)據(jù)的能力至關(guān)重要。 我們的病毒基因組測序分析工作流程可用于 NGS 數(shù)據(jù)，還包括對使用 ARTIC 網(wǎng)絡(luò)合同生成的 PCR 擴(kuò)增片段的全面支持。 我們簡化了這個(gè)有時(shí)很復(fù)雜的過程，以便您可以更快地進(jìn)入分析階段。 首先組裝病毒基因組測序數(shù)據(jù)以評估變異并為每個(gè)樣本生成共有序列，然后快速將大量基因組與已知弧菌物種進(jìn)行比對，以輕松識(shí)別和比較比對中的變異。

全外顯子組/全基因組測序

擺脫全基因組和全外顯子組測序分析的艱苦工作，以便您可以專注于結(jié)果。

全外顯子組測序和全基因組測序產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)給許多研究人員帶來了組裝和剖析數(shù)據(jù)的挑戰(zhàn)。 無論您處理的是全基因組、全外顯子組還是其他靶向測序數(shù)據(jù)，所產(chǎn)生的大量信息都需要大量的數(shù)據(jù)處理和分析。 它還使您能夠以無與倫比的輕松和速度將所有主要 NGS 平臺(tái)的重測序數(shù)據(jù)與參考序列進(jìn)行比對。 全面的組裝后分析選項(xiàng)可以輕松識(shí)別和比較遺傳變異以及結(jié)構(gòu)和非編碼變異。 需要先進(jìn)的基因過濾來確定突變對每個(gè)基因的破壞程度。 旨在處理大量數(shù)據(jù) - 讓我們來完成艱苦的工作，以便您可以專注于結(jié)果。

應(yīng)用

基因組序列組裝

使您能夠在幾分鐘內(nèi)構(gòu)建復(fù)雜的基因組測序項(xiàng)目，然后以無與倫比的輕松和速度組裝 NGS 和長讀長測序數(shù)據(jù)。

基因表達(dá)和變異分析

先進(jìn)的過濾工具和豐富的可視化功能使您可以輕松評估基因表達(dá)并識(shí)別多個(gè)樣本中的顯著變異。

序列組裝分析與編輯

提供組裝后分析工具，例如評估覆蓋范圍、分析比對背景下的變體以及重疊群編輯。

基因組可視化軟件

使用高度可定制的圖表可視化基因組測序結(jié)果，例如覆蓋度和峰值圖，這些圖表可以輕松導(dǎo)入以進(jìn)行協(xié)作或出版。

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基于云的存儲(chǔ)和組件

提供 NGS 數(shù)據(jù)管理。 * 將您的 NGS 數(shù)據(jù)與我們的云估算資源對齊和組合，從而釋放您的本地計(jì)算機(jī)來執(zhí)行其他操作。

比較套餐

（最受歡迎）

包含的應(yīng)用程序

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結(jié)尾

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