文件：一般與UCSC 相關(guān)，用于顯示和查詢基因組注釋信息。

gtf文件：是許多基因組注釋工具和數(shù)據(jù)庫使用的更通用的格式，例如NCBI等。

內(nèi)容：

文件：主要關(guān)注基因外顯子、轉(zhuǎn)錄本、編碼區(qū)等信息。 它包含一些對特定應(yīng)用有用的摘要信息，例如瀏覽遺傳信息。

gtf文件：提供更詳細的注釋信息，可以包括基因、轉(zhuǎn)錄本、外顯子、CDS、UTR等生物學(xué)特征，以及它們的相對位置、屬性等。

應(yīng)用：

文件：適合常規(guī)基因組瀏覽和搜索，更適合不需要深入分析基因結(jié)構(gòu)的應(yīng)用。

gtf文件：由于它提供了更豐富的注釋信息，因此在需要詳細的基因結(jié)構(gòu)分析、轉(zhuǎn)錄本定量、選擇性剪接研究等的應(yīng)用中更常見。

（名詞解釋由and生成）

標(biāo)準(zhǔn)加工程序

1.質(zhì)量控制()

檢測原始測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量，包括測序錯誤、低質(zhì)量核苷酸、接頭污染等。需要使用的軟件有、、等。我常用的軟件是Fastp()，一步即可完成并且速度很快。

另外建庫和擴增過程中會形成PCR重復(fù)，可以根據(jù)fastp結(jié)果消除（可以使用工具）。

fastp?-i?in.R1.fq.gz?-I?in.R2.fq.gz?-o?out.R1.fq.gz?-O?out.R2.fq.gz
#基于雙端測序

2.比較()

將接頭消除和質(zhì)量控制的讀數(shù)與參考基因組或轉(zhuǎn)錄組進行比對。 常用的對比工具有STAR、BWA等。

此類軟件通常的流程是：

下載參考基因組：從適當(dāng)?shù)膩碓矗ɡ鏤CSC等）下載您想要比較的物種的參考基因組序列。 確保您的測序數(shù)據(jù)獲得正確的版本。

建立索引：使用上述軟件建立參考基因組的索引（不同軟件有不同的代碼）。 索引是有助于快速比對的重要組成部分，它還可以盡早處理基因組信息以促進比對過程。 這通常是比較過程之前的一個步驟。

運行比對：使用軟件將測序數(shù)據(jù)與參考基因組進行比較。 您需要提供測序數(shù)據(jù)的 FASTQ 文件，其中通常包括測序讀數(shù)。 軟件會嘗試將這樣的reads與參考基因組進行比較，并生成SAM/BAM格式的輸出文件，其中包含每個reads的比對位置等信息。

處理結(jié)果：比較完成后dnastar序列比對，可以使用其他工具處理輸出的SAM/BAM文件。 這包括排序、過濾和轉(zhuǎn)換為更有效的二進制補碼格式等步驟。

3.定量()

根據(jù)比較結(jié)果估計各基因的表達量。 這可以使用基因表達矩陣等工具來完成。

它是一款對測序數(shù)據(jù)進行定量遺傳分析的工具。 它可用于估計每個基因的表達水平。 該工具的主要功能是將測序數(shù)據(jù)中的reads（片段）映射到已知的基因或轉(zhuǎn)錄本區(qū)域dnastar序列比對，并估計該區(qū)域的reads數(shù)量以反映基因的表達水平。

主要步驟：

基因注釋文件規(guī)劃：首先需要一個基因注釋文件，其中包含基因和轉(zhuǎn)錄本的位置信息。 這可以是 GTF（基因注釋格式）文件或其他合適的格式。

測序數(shù)據(jù)映射：使用基因組作圖軟件（如STAR等）將測序reads映射到基因組上，以確定每個reads的位置。

運行：以映射的測序數(shù)據(jù)和基因注釋文件作為輸入并運行軟件。 該軟件根據(jù)注釋文件將讀數(shù)分配給不同的基因或轉(zhuǎn)錄本區(qū)域，并估計每個區(qū)域的讀數(shù)數(shù)量。

生成表達矩陣：將輸出包含每個基因的讀取計數(shù)信息的文件。 這個文件可以進一步處理生成基因表達矩陣，其中每一行代表一個基因，每一列代表一個樣本，矩陣中的值是對應(yīng)樣本（即文件）中每個基因的read count 。

以上是-seq上游處理的基本操作。

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