Primer Premier是設計和分析PCR引物的軟件。通過自動避免同源性和模板二級結構來設計高擴增效率的引物。

標準PCR檢測的引物設計

Primer Premier的搜索算法使用nearest鄰熱力學算法查找具有準確解鏈溫度的理想PCR、多重和SNP基因分型引物。在按照排序報告適合您的序列的引物之前，先篩選引物的二級結構、二聚體、發(fā)夾結構、同源性和物理特性。配備方便的計算器，您可以方便的操作序列并分析引物設計的結果。

SNP基因分型分析的引物設計

使用Primer Premier，您可以從dbSNP加載序列，并選擇設計的引物位于SNP的兩側。通過在標準GenBank/dbSNP文件中將它們指定為變異特征，也可以加載數(shù)百個未發(fā)布的SNP。在指定SNP后，可以設計引物以放大它們以使用基于探針的化學方法進行檢測。

多重檢測

對于多重實驗，Primer Premier使您能夠以批處理模式啟動引物搜索，然后檢測所設計引物的交叉反應性，從而減少錯誤引物。

自動同源性和模板結構避免

Primer Premier會自動解釋BLAST搜索結果并避開這些區(qū)域來設計與數(shù)據(jù)庫具有交叉同源性的引物。這些同源區(qū)域在序列視圖中突出顯示，并在引物搜索期間被避開。

由于在延伸溫度下存在模板結構，引物延伸可能會受到阻礙。為了避免模板可能自行折疊的全部此類區(qū)域，該程序利用專有算法在您指定的折疊溫度下檢查模板內(nèi)可能的二級結構。參與二級結構形成的區(qū)域在序列視圖中標有下劃線，并在設計引物時被避開。

避免同源區(qū)域使寡核苷酸具有高度特異性，避免模板結構提高了設計引物的效率。

手動引物搜索

Primer Premier為用戶提供對引物設計的控制。使用手動引物搜索選項，用戶可以選擇模板序列上的任意位置來設計有義或反義引物。Primer Premier會立即計算并顯示新引物的特性。用戶結果選擇的引物隨后顯示在主窗口的序列視圖中。

編輯模板序列

模板序列是可編輯的并且可以由用戶更改?？梢允褂脴藴实募羟?復制/粘貼功能修改基礎?？梢允褂脛h除按鈕刪除不需要的序列區(qū)域。用戶可以評論或注釋序列并保存它們以供將來參考。

特征：

新改進的搜索算法

• 新改進的搜索算法
  

• 自動同源性和模板結構避免

• 序列視圖以可視化序列上的引物

• 新改進的圖形用戶界面

自動序列檢索

使用登錄號/GI編號和檢測ID將批次序列直接從GenBank和dbSNP快速檢索到程序中。使用多重檢索工具，可以從本地驅(qū)動器加載序列。

自動同源性和模板結構避免

引物特異性可以通過在程序中執(zhí)行BLAST搜索和搜索模板結構來實現(xiàn)。在設計引物時會使用這兩種搜索的結果。在引物設計過程中會自動避開具有顯著交叉同源性和模板結構的區(qū)域。

評估預先設計的引物

Primer Premier分析和評估預先設計的引物的特性并對它們進行排序，以便您判斷引物與所需目標值的距離。如果您使用已發(fā)布或預先設計的經(jīng)過充分驗證的引物，此功能很有用。還可以評估具有多達5個錯配的引物。

對于特定的引物，Primer Premier甚至可以設計兼容的套裝。例如，對于預先設計或發(fā)布的正向引物，Primer Premier可以找到符合全部設計標準的兼容反向引物。

您甚至無需輸入模板序列即可評估正向/反向引物或引物對。Primer Premier顯示正在分析的寡核苷酸的全部屬性，并以HTML或csv文件格式導出。對引物進行排名，使您能夠判斷它們與目標值的接近程度。

手動引物搜索

Primer Premier提供對用戶手中的引物設計的控制。使用手動引物搜索選項，用戶可以單擊模板序列上的任意核苷酸以在他們選擇的位置獲取引物。Primer Premier設計了一個3'末端位于該核苷酸的引物，并立即分析其特性。根據(jù)用戶的方便，也可以增加/減少引物的長度。對于誘變和克隆。此功能有助于在其他受限區(qū)域獲得理想設計。Primer Premier能夠沿著DNA序列“滑動”引物序列，實時顯示特性，使用戶能夠可視化定位寡核苷酸的理想位置。

編輯模板序列

可以編輯模板序列?？梢允褂脴藴实募羟?復制/粘貼功能修改堿基，將感興趣的位置歸零?？梢酝ㄟ^選擇它們并單擊刪除來刪除不需要的序列區(qū)域。該程序還允許用戶為序列添加注釋或注釋以供將來參考。

序列視圖

所選系列可以以每塊3或10個堿基、單鏈或雙鏈的形式查看。設計的引物被標記，有義引物為藍色，反義引物為紅色。選定的SNP標記為粉紅色。同源區(qū)域以黃色突出顯示，參與模板結構的堿基加下劃線。您可以將“序列視圖”與引物設計結果一起以csv或HTML格式導出。

生成報告

您可以為您的實驗室筆記本設計的化驗以及與同事共享信息創(chuàng)建演示質(zhì)量報告。該報告可視化引物在序列上的位置，包括備用引物列表，顯示引物、擴增子和序列特性以及引物設計程序使用的設計參數(shù)。

本地和桌面BLAST選項

您可以使用本地和桌面BLAST選項對本地自定數(shù)據(jù)庫對您的序列進行BLAST。在您的計算機上創(chuàng)建一個文本或FASTA格式的序列數(shù)據(jù)庫，然后從Primer Premier中對您的查詢序列進行BLAST。然后將結果用于引物設計。如果您不想在Internet上提交您的數(shù)據(jù)，或者您正在處理未發(fā)布的信息，這種支持很有用。

計算器

內(nèi)置計算機計算GC%，顯示堿基計數(shù)，使您能夠獲得互補鏈和反向互補鏈。

數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)庫管理

可以創(chuàng)建多個項目。通過為每個實驗創(chuàng)建單獨的項目，可以方便管理多個實驗的數(shù)據(jù)。維護用于序列信息和搜索結果的本地數(shù)據(jù)庫。

系統(tǒng)要求：

Windows支持的平臺：XP/Vista/Windows 7/Windows 8/Windows 10

【英文介紹】

Primer Premier is the most comprehensive software to design and analyze PCR primers.

Primer Premier's search algorithm finds optimal PCR, multiplex and SNP genotyping primers with the most accurate melting temperature using the nearest neighbor thermodynamic algorithm. Primers are screened for secondary structures, dimers, hairpins, homologies and physical properties before reporting the best ones for your sequence, in ranked order. Equipped with a handy calculator, you can easily manipulate sequences and analyze the results of your primer design.

Primer Design for SNP Genotyping Assays

With Primer Premier, you can load sequences from dbSNP and have the primers designed flanking the SNP selected. Hundreds of unpublished SNPs can also be loaded by specifying them as variation features in standard GenBank/dbSNP files. After specifying the SNPs, primers can be designed to amplify them for detection using a probe-based chemistry.

Multiplex Assays

For a multiplex experiment, Primer Premier enables you to launch a primer search in batch mode and then checks the cross reactivity of the primers designed, thereby reducing false priming.

Automatic Homology & Template Structure Avoidance

Primer Premier automatically interprets the BLAST search results and avoids those regions to design primers that have significant cross homologies with the database. These homologous regions are highlighted in the sequence view and are avoided during primer search.

Primer extension may be hindered due to the presence of template structures at extension temperature. To avoid all such regions, where the template may fold upon itself, the program utilizes a proprietary algorithm to check for possible secondary structures within the template at a folding temperature you specify. The regions involved in the formation of a secondary structure are underlined in the sequence view and are avoided while designing primers.

Avoiding homologous regions makes the oligos highly specific and avoiding template structures improves the efficiency of the designed primers.

Manual Primer Search

Primer Premier offers complete control over primer design to the user. Using the manual primer search option, a user can select any position on the template sequence to design a sense or an anti-sense primer. Primer Premier instantly calculates and displays the properties of the new primers. The primers finally selected by a user are then shown in the Sequence View on the Main window.

Edit Template Sequence

The template sequence is editable and can be changed by a user. Bases can be modified using the standard Cut/Copy/Paste functions. Unwanted regions of sequences can be removed by using the Delete button. Users can comment or annotate a sequence and save them for future reference.