什么是DNAMAN

DNAMAN適用于分析生物學(xué)應(yīng)用的一體化軟件包。改軟件包為序列分析提供了一個(gè)就有多種功能的集成系統(tǒng)。您不再需要一個(gè)程序進(jìn)行限制性分析，而其他程序進(jìn)行多序列對比、設(shè)計(jì)PCR引物、蛋白質(zhì)序列分析或繪制質(zhì)粒.....DNAMAN為您執(zhí)行這些任務(wù)。

DNAMAN的速度、多功能性、準(zhǔn)確性和高質(zhì)量的演示使其成為每個(gè)分子生物學(xué)家可以依賴的基本工具之一。DNAMAN是眾多評審科學(xué)期刊中高度引用的序列分析軟件。他也是一個(gè)序列分析軟件包，每所大學(xué)、研究機(jī)構(gòu)、實(shí)驗(yàn)室和研究科學(xué)家都可以負(fù)擔(dān)的起。

DANMAN可用于Microsoft Windows、OSX和Linux。三個(gè)平臺上的DANMAN文件共享相同的格式。

DANMAN的通用格式系統(tǒng)方便了Windows、Mac OSX和Linux之間的通信，使您的平臺獨(dú)立。

DNAMAN 序列分析功能簡介

• 序列分析集成系統(tǒng)

• Windows、OSX 和 Linux 上的 DNAMAN 桌面

適用于 Windows 的 DNAMAN

用于 OSX 的 DNAMAN

用于 Linux 的 DNAMAN

• 序列操作

1. 序列處理和轉(zhuǎn)換

2. 序列輸入

DNAMAN 序列是用關(guān)鍵字格式化的純文本文件。該程序接受其他常見的序列格式，例如 GenBank、GCG、CUSTAL、FASTA、PIR 和 GDE。DNAMAN 利用序列通道將活動(dòng)序列保存在內(nèi)存中以進(jìn)行快速計(jì)算。數(shù)據(jù)庫也可用于幫助組織特定研究項(xiàng)目的序列。三個(gè)序列輸入界面均可在 DNAMAN Desktop 上訪問。

序列組成和轉(zhuǎn)換

DNAMAN 使用簡單的下拉菜單命令報(bào)告序列組成和分子量。它可以將序列轉(zhuǎn)換為其反向、互補(bǔ)、反向互補(bǔ)、雙鏈和 RNA 序列。

• 序列搜索

列搜索

DNAMAN 提供用于序列搜索和比較的工具，包括核苷酸或氨基酸序列、共有序列、開放閱讀框、重復(fù)序列。小干擾 RNA (siRNA) 選擇工具可用于提高 siRNA 設(shè)計(jì)的質(zhì)量。用戶可以在 DNAMAN 程序中對 NCBI 數(shù)據(jù)庫或其他基于網(wǎng)絡(luò)的序列服務(wù)器執(zhí)行 BLAST 搜索。

• 限制分析
  

DNAMAN 為 DNA 序列的限制性分析提供直觀的界面。結(jié)果可以顯示為文本、限制圖和限制模式（瓊脂糖凝膠）。其他工具包括電子克隆、從片段重建限制性圖譜、靜默突變和定向錯(cuò)配。

• 序列組裝
  

DNAMAN 使用快速準(zhǔn)確的比對算法來組裝大量序列。跟蹤文件可以直接用于匯編。SNP可以通過組裝的序列集進(jìn)行驗(yàn)證。

• 同源比較

點(diǎn)陣圖

可以使用點(diǎn)圖在 DNAMAN 中分析大序列的同源區(qū)域。感興趣的序列區(qū)域可以放大并直接對齊。

兩個(gè)序列比對

DNAMAN 提供了快速或優(yōu)化的算法來比對兩個(gè) DNA 或蛋白質(zhì)序列。

• 多序列比對

DNAMAN 使用 ClustalW 算法（Feng-Doolittle 和 Thompson）進(jìn)行對齊，使用全局對齊算法（Wilbur 和 Lipman）進(jìn)行快速對齊。DNAMAN 中的三種比對提供了高質(zhì)量的比對結(jié)果。使用快速比對方法，您可以快速比對大量 DNA 或蛋白質(zhì)序列。可以在多比對序列編輯器中進(jìn)一步修改或調(diào)整比對。

• 系統(tǒng)發(fā)育分析
  

DNAMAN 使用通用算法計(jì)算同源矩陣并建立全部序列對之間的相關(guān)距離。它可以生成距離矩陣，并從多個(gè)比對中繪制系統(tǒng)發(fā)育樹或同源樹。自舉分析可用于系統(tǒng)發(fā)育樹的置信度值。

• 引物/寡核苷酸分析
  

PCR引物設(shè)計(jì)

DNAMAN 為 PCR 引物選擇提供了控制標(biāo)準(zhǔn)。您可以通過設(shè)置目標(biāo) DNA 的區(qū)域、PCR 產(chǎn)物的大小、引物特性、反應(yīng)條件和引物配置來優(yōu)化引物過濾。

其他功能

可以分析寡核苷酸引物的解鏈溫度、互補(bǔ)性、錯(cuò)誤引物、沉默突變和定向錯(cuò)配。

• 蛋白質(zhì)分析

蛋白質(zhì)序列分析

DNAMAN 提供了用于蛋白質(zhì)序列分析的工具，包括：從兩個(gè) DNA 鏈中翻譯六個(gè)閱讀框、遺傳密碼表的變異、閱讀框概述、密碼子使用分析、氨基酸組成、親水譜、電荷和 pI 分析、二級結(jié)構(gòu)預(yù)測和反向翻譯。

• 數(shù)據(jù)庫管理
  

DNAMAN 數(shù)據(jù)庫管理

DNAMAN 使用標(biāo)準(zhǔn)關(guān)系數(shù)據(jù)庫引擎 Sqlite3 來管理 DNA/蛋白質(zhì)序列和寡核苷酸序列。

• LBDraw（限 Windows）

LBDdraw的特點(diǎn)

• 在 Internet 上（限 Windows）

適用于 Windows 的內(nèi)置 DNAMAN Internet/Intranet 瀏覽器

DNAMAN 提供了一個(gè)集成的 Web 瀏覽器來訪問 Internet 或您的 Intranet。

【英文介紹】

Lynnon Biosoft develops and markets bioinformatic software platform for education, research and development of the exciting world of genome sciences. Our product, DNAMAN software package, provides an effective toolkit for sequence analysis and data mining.

What is DNAMAN 

DNAMAN is a one-for-all software package for molecular biology applications. This package provides an integrated system with versatile functions for high efficiency sequence analysis. You no longer need one program for restriction analyses and others for multiple sequence alignment, designing PCR primers, protein sequence analysis or drawing plasmids ... DNAMAN carries out all these tasks for you.

DNAMAN's speed, versatility, accuracy and high quality presentation make it one of the fundamental tools every molecular biologist can depend on. DNAMAN is highly cited sequence analysis software in numerous peer-reviewed scientific journals. It is also a sequence analysis software package with affordable prices for every university, research institution, laboratory, and research scientist.

DNAMAN is available for Microsoft Windows, OSX and Linux. DNAMAN files on all three platforms share the same formats. The common format system of DNAMAN facilitates the communication between Windows, Mac OSX and Linux, and makes your work platform-independent.