RNA-seq數(shù)據(jù)分析完全指北-06：比對到基因組并定量

對于有參轉錄組，一般采取的還是比對定量的方式。2、構建基因組索引2.：指的是針對基因組上的某一塊區(qū)域的不同版本的序列，與原始的基因組組裝序列是平行的關系，這些往往是在不同的個體中發(fā)現(xiàn)的，算是對原有參考...

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STAR:轉錄組數(shù)據(jù)比對工具簡介

構建基因組索引在構建索引時，還支持加入的區(qū)間信息，通過指定對應的文件，多個文件用逗號分隔，這種格式的文件是由STAR比對產(chǎn)生的，通常用于2-pass比對模式。比對完成后，會輸出許多文件，包含4個類別單...

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一款讓程序員編程更智能的開發(fā)工具——Kite

對于程序員而言有一項剛需，就是花費時間搜索互聯(lián)網(wǎng)的相關開發(fā)文檔和代碼示例。3，和，Kite也許會成為程序員喜愛的代碼編輯器。使用Kite，編程時需要連接到互聯(lián)網(wǎng)，因為Kite工作通過索引你在云上的代碼...

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⑤轉錄組上游數(shù)據(jù)分析——hisat2比對

上一篇文章我們將數(shù)據(jù)質控過濾，那么現(xiàn)在我下一步要進行的是比對，在比對之前，我們得了解比對的目的是什么？bwa這類比對工具，或者是這類align-free工具，并且后者的速度更快。，只需要指定基因組fa...

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intellij idea 重置默認視圖 優(yōu)化 SQL 的 21 條方案

null就會不走索引了，這個跟mysql版本以及查詢成本都有關；其實是因為一般情況下，查詢的成本高，優(yōu)化器自動放棄索引的；=或操作符，否則引擎將放棄使用索引而進行全表掃描十五、避免在索引列上使用內(nèi)置函...

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STAR:轉錄組數(shù)據(jù)比對工具簡介

構建基因組索引單端數(shù)據(jù)比對的基本用法如下在第二次比對之前，重新構建一次基因組的索引，添加所有樣本的SJ.out.tab文件，然后利用新的基因組索引重新比對。Basic參數(shù)，軟件會自動進行兩次比對，將第...

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⑤轉錄組上游數(shù)據(jù)分析——hisat2比對

bwa這類比對工具，或者是這類align-free工具，并且后者的速度更快。，只需要指定基因組fasta序列文件，以及構建好的索引系列文件的前綴即可：記住，這個構建好的索引系列文件的前綴非常重要的，后...

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包管理器到底管理了什么？

安裝軟件包為什么需要包管理器相對于下載源碼進行編譯，APT這類工具將安裝簡化成幾條指令軟件包被安裝到哪里默認包管理器會將一個軟件包分解成很多文件，放在其該有的位置，例如都沒能刪除軟件包在用戶目錄下創(chuàng)建...

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