1 離線引物設(shè)計(jì)軟件

（1）作為專(zhuān)業(yè)的引物設(shè)計(jì)軟件，具有非常強(qiáng)大的引物和雜交探針?biāo)阉鞴δ埽梢苑治鲆镥e(cuò)配、二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等功能。 使用簡(jiǎn)單、速度快，應(yīng)該是目前使用最廣泛的引物設(shè)計(jì)軟件。 它已經(jīng)更新到了.25版本dnastar序列比對(duì)，但是比新版本更加簡(jiǎn)單易用。

（2）相比之下，Oligo是更專(zhuān)業(yè)的軟件，引物分析功能更強(qiáng)大。 Oligo軟件基于Java環(huán)境運(yùn)行，因此安裝前必須在計(jì)算機(jī)上安裝Java環(huán)境。

（3）BioXM是一款非常簡(jiǎn)單明了的分子生物學(xué)軟件，具有非常友好的中文操作界面。 除了引物設(shè)計(jì)之外dnastar序列比對(duì)，還可以進(jìn)行序列比對(duì)和限制性位點(diǎn)鑒定。

2 在線引物設(shè)計(jì)工具

(1) 在線網(wǎng)址：。 界面很簡(jiǎn)單，有很多可配置的項(xiàng)目。 非常適合復(fù)雜引物的設(shè)計(jì)。

(2)NCBI-BLAST。 網(wǎng)址：工具。 作為結(jié)合BLAST的引物篩選平臺(tái)，它不僅可以篩選引物，還可以對(duì)引物的特異性做出直觀的判斷，這是非常重要的一點(diǎn)。

3 多序列比對(duì)分析軟件

多序列比率在分析基因的保守區(qū)域和理解基因序列之間的相似性關(guān)系方面發(fā)揮著重要作用。 目前常用的多序列比對(duì)工具包括：MEGA、、等軟件。 其中速度較快，可以直接構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)。

4 綜合分析軟件

目前有很多功能強(qiáng)大的生物軟件，功能豐富，如引物設(shè)計(jì)、基因序列比對(duì)、質(zhì)粒圖譜繪制，甚至在一款軟件中同時(shí)分析DNA、RNA和蛋白質(zhì)的功能。 目前常用的此類(lèi)軟件有：NTI Suite、、、、等。

（1）是高度集成的分子生物學(xué)應(yīng)用軟件，可以進(jìn)行：多重序列比對(duì)、PCR引物設(shè)計(jì)、限制性?xún)?nèi)切酶分析、蛋白質(zhì)分析、質(zhì)粒作圖等。

（2）作為一款知名軟件，這個(gè)軟件可以實(shí)現(xiàn)你能想到的大部分需求，比如：序列比對(duì)分析、測(cè)序組裝分析、虛擬克隆、引物設(shè)計(jì)、蛋白質(zhì)注釋、系統(tǒng)發(fā)育等。

（3）與NTI類(lèi)似，除了豐富的核酸、蛋白質(zhì)分析功能外，您還可以編寫(xiě)自己的腳本，通過(guò)應(yīng)用接口功能集成平臺(tái)。

(4)是一款優(yōu)秀的DNA序列分析軟件。 除了引物設(shè)計(jì)和序列比對(duì)外，還可以幫助展示質(zhì)粒元件，是基因克隆的好幫手。

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