三代測序?qū)ｎ}一：純PacBio組裝策略的適用性

擁有獨特的單分子實時測序技術(shù)2016年以來各高分雜志陸續(xù)公布依靠技術(shù)獲得的高質(zhì)量基因組圖譜，說明該技術(shù)已經(jīng)成為基因組研究的標配。graph方法不同，純序列組裝使用OLC方法。簡單來說，就是序列依靠關(guān)系...

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dnastar拼接序列 DNAStar軟件及中文使用說明書

序列的重疊片段、創(chuàng)建虛擬克隆和設計引物，充分利用多種綜合性分析工具在一個單獨的集成軟件包里囊括了新一代序列組裝和分析所需的所有工具。選擇文件的安裝目錄后，點擊“Next”，如果想要自定義安裝目錄的話，...

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hisat2:比對基因組工具簡介

由于測序儀機器讀長的限制，在構(gòu)建文庫的過程中首先需要將DNA片段化，測序得到的序列只是基因組上的部分序列。為了確定測序reads在基因組上的位置，需要將reads比對回參考基因組上，這個步驟叫做。同時...

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RNA-seq數(shù)據(jù)分析完全指北-06：比對到基因組并定量

對于有參轉(zhuǎn)錄組，一般采取的還是比對定量的方式。2、構(gòu)建基因組索引2.：指的是針對基因組上的某一塊區(qū)域的不同版本的序列，與原始的基因組組裝序列是平行的關(guān)系，這些往往是在不同的個體中發(fā)現(xiàn)的，算是對原有參考...

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干貨：轉(zhuǎn)錄組生信分析流程大比拼，你pick哪一款 |?轉(zhuǎn)錄調(diào)控專題

如果研究物種不存在可靠的參考序列（基因組或轉(zhuǎn)錄組），則可以使用從頭組裝來識別轉(zhuǎn)錄本，即無“參”轉(zhuǎn)錄組，沒有合適的參考序列，從頭組裝出轉(zhuǎn)錄本序列，再進行轉(zhuǎn)錄本的定量。比如經(jīng)典的無參轉(zhuǎn)錄組先基于從頭組裝工...

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新型冠狀病毒熒光PCR引物探針設計，難在哪里？

在新型冠狀病毒檢測中，以美國CDC的第一套引物探針為例，從圖1可見，上游引物處SARS病毒有一個3-bp的插入，是不可能擴增的，蝙蝠病毒在上游引物有4個突變，探針有1個突變，下游引物有5個突變，理論上...

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dnastar引物設計 科研小技巧（5）兩個網(wǎng)站，搞定所有sgRNA設計

今天兩個sgRNA設計網(wǎng)站，搞定所有序列的sgRNA設計！因為平時所需的sgRNA，要么是針對已知基因的引物設計，要么是針對非編碼區(qū)域的引物設計。針對已知基因的引物設計，推薦使用網(wǎng)站：針對非編碼區(qū)域的...

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我要移除相似性在99.99%以上的序列

不過，如果使用單獨的程序進行比對，似乎又不能和參考序列的注釋信息進行關(guān)聯(lián)了。因此，序列注釋可以基于多序列比對后并利用參考序列的基因信息。移除高度相似序列我導入比對后的核苷酸序列，運行程序分析后，拿其中...

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關(guān)于全基因合成服務報告的解讀

File（意為序列比對文件），是將我們合成好的基因序列與客戶指定的序列進行比對。彩色峰圖及下面一行彩色字序列為我們實際合成好的序列，與上一行黑色字部分作比對（本例僅截取部分圖片，實際結(jié)果可能會有好幾頁...

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dnastar序列比對 DNASTAR Lasergene Molecular Biology

綜合序列分析軟件，用于序列比對、桑格測序、虛擬克隆、引物設計、質(zhì)粒圖譜、測序編輯等?？蓭椭瓿芍匾男蛄蟹治鋈蝿?，包括多重序列比對、PCR引物設計、計算機克隆和桑格序列組裝?？寺⌒蛄序炞C多序列比對序...

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dnastar序列比對 DNASTAR V17.4.2更新

多序列比對的增強和更新包括：有許多多序列比對工具已經(jīng)不是什么秘密了，但初始序列比對只能讓你走這么遠。Pro提供了多序列比對每個階段所需的一切，不僅是比對基因水平和基因組規(guī)模序列數(shù)據(jù)所需的算法，而且還提...

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轉(zhuǎn)錄組/宏/基因組學分析流程，值得收藏

基因組學，轉(zhuǎn)錄組學，宏基因組學，我們想要了解分析步驟，就需要了解建庫原理。從頭測序，這種情況針對的是我們沒有參考基因組，需要進行基因組拼接，然后進行基因預測和功能分析。其中，BWA-MEM用于將測序r...

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